Sistem pengelolaan fungsional dan operasional program studi mencakup planning, organizing, staffing, leading, controlling dalam kegiatan internal maupun eksternal.
Sistem pengelolaan di Program Studi Bimbingan dan Konseling dilaksanakan dengan sangat efektif mulai dari perencanaan, pengorganisasian, penggerakan, sampai dengan evaluasi dilakukan dengan melibatkan seluruh dosen program studi. Kinerja tata pamong Program Studi Bimbingan dan Konseling diarahkan untuk tercapainya Catur Dharma Perguruan Tinggi. Merujuk pada Pedoman Umum Tata Kelola STKIP Muhammadiyah tahun 2015, sistem pengelolaan di Program Studi Bimbingan dan Konseling berpedoman pada sistem pengelolaan STKIP Muhammadiyah yang diatur melalui ketentuan yang dikeluarkan BPH-STKIP Muhammadiyah dan Pimpinan STKIP Muhammadiyah Sungai Penuh.
Bimbingan dan Konseling menggunakan standar operasional prosedur (SOP) yang dikembangkan dari SOP STKIP muhammadiyah Sungai Penuh. SOP yang sudah di tetapkan STKIP M diantaranya Pembimbingan Akademik, Pembimbingan Skripsi dan Ujian Skripsi, PPL luar sekolah, PPL Sekolah, Monev dan Penerimaan mahasiswa baru.
Pengelolaan administrasi proses belajar mengajar mulai dari pengurusan Kartu Rencana Studi (KRS), pembuatan daftar hadir, rekap nilai akhir, dilaksanakan langsung oleh unit Akademik melalui administrasi yang dikembangkan. Layanan informasi yang diberikan kepada mahasiswa antara lain: KRS, KHS, informasi beasiswa, bimbingan karier dan lain-lain. Layanan informasi untuk dosen dan karyawan yang sudah ada antara lain: presensi mahasiswa, pengumuman digital, akses internet, hotspot, Jaminan kesehatan dan lain-lain.
